下关被辟为通商口岸后，长江两岸的码头日益增多，客运货量大大增加。

装卸、搬运、报关、托运等行业迅速兴起，带动了商业、服务业、建筑业的相应发展。

作为南京的水运门户，从清末开始，下关地区出现的主要码头有数十座之多。

包括招商局码头、接官厅码头、太古洋行码头、日清码头、美最时码头、飞鸿码头、煤炭港码头、宝塔桥码头、中山码头、有恒码头、三汊河码头等。

这其中大部分，担负的是长江航运任务。

而主要运送人们来往于长江两岸的轮渡码头，主要是飞鸿码头、中山码头以及对岸的浦口码头。

其中，中山码头是长江两岸规模和设施都堪称一流的轮渡码头，大大方便NJ市民和乘坐火车的旅客。

如今中山码头拥有五艘渡轮，日航五十余班次，每天的载客量多达一万多人次。